Cơ cấu tổ chức của Chính phủ sau khi được kiện toàn gọn nhẹ hơn với 14 bộ, 3 cơ quan ngang bộ. Từ 1/3, bộ máy này chính thức đi vào hoạt động với nhiều đổi mới trong điều hành.
Chính phủ lưu ý chỉ quy định mang tính nguyên tắc về Phó Thủ tướng Chính phủ, số lượng cụ thể các Phó Thủ tướng được xác định căn cứ vào tình hình thực tiễn của từng giai đoạn.
Dự kiến Chính phủ có 14 Bộ: Quốc phòng; Công an; Tư pháp; Công Thương; Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Ngoại giao; Giáo dục và Đào tạo; Y tế; Tài chính; Xây dựng; Nông nghiệp và Môi trường; Khoa học và Công nghệ; Nội vụ; Dân tộc và Tôn giáo.
Chính phủ thống nhất phương án để trình cấp có thẩm quyền về cơ cấu tổ chức của Chính phủ dự kiến có 22 bộ, cơ quan, gồm 17 bộ, cơ quan ngang bộ (giảm 5 bộ) và 5 cơ quan thuộc Chính phủ (giảm 3 cơ quan).
Chính phủ đã cơ bản hoàn thành phương án hợp nhất, sáp nhập các bộ, cơ quan và phương án sắp xếp tổ chức, bộ máy bên trong của các bộ, cơ quan theo tinh thần chỉ đạo của Ban chỉ đạo Trung ương và Chính phủ đề ra để trình cấp có thẩm quyền.
Với tinh thần “thần tốc, chỉ bàn làm, không bàn lùi”, trong hơn một tháng qua, gần như tuần nào, Thủ tướng, các Phó Thủ tướng cùng Bộ Nội vụ và các bộ, ngành cũng họp để "vừa chạy, vừa xếp hàng", sắp xếp, tinh gọn bộ máy Chính phủ.
Dự kiến sau hợp nhất 10 bộ thành 5 bộ mới sẽ có tên gọi như: Bộ Tài chính và Đầu tư phát triển hoặc Bộ Kinh tế phát triển; Bộ Phát triển Hạ tầng hoặc Bộ Giao thông và Xây dựng đô thị, nông thôn; Bộ Nông nghiệp và Tài nguyên, Môi trường...
Sau khi sắp xếp, sáp nhập, dự kiến tổ chức bộ máy của Chính phủ gồm 13 bộ, 4 cơ quan ngang bộ và 4 cơ quan thuộc Chính phủ; giảm 5 bộ, 4 cơ quan thuộc Chính phủ.
Với việc Quốc hội thông qua dự thảo Nghị quyết về bổ sung số lượng Phó Thủ tướng Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa 15, Chính phủ được tăng thêm 1 Phó Thủ tướng so với đầu nhiệm kỳ.