Những năm đầu, Trường Đại học Y Hà Nội thuộc sự quản lý của Đại học Paris (Pháp). Trường sử dụng tiếng Pháp làm ngôn ngữ giảng dạy và có đến 6 bác sĩ người Pháp đảm nhận vai trò hiệu trưởng.
Nếu vi phạm, sinh viên bị trừ 1-3 điểm rèn luyện cho mỗi lần. Tùy mức độ, họ cũng bị xem xét kỷ luật, với mức từ khiển trách đến cảnh cáo trước toàn trường.
