Bảo tàng được thiết kế 3 nhánh, tượng trưng cho dòng chảy nhiệt huyết từ lòng đất mẹ, vươn lên mạnh mẽ, là biểu tượng cho tinh thần quật cường của người dân Việt Nam.
Địa phương sau thời gian tuyển chọn đã tìm được phương án thiết kế kiến trúc, cảnh quan cho công trình bảo tàng khẳng định chủ quyền biển đảo Việt Nam.