Những năm đầu, Trường Đại học Y Hà Nội thuộc sự quản lý của Đại học Paris (Pháp). Trường sử dụng tiếng Pháp làm ngôn ngữ giảng dạy và có đến 6 bác sĩ người Pháp đảm nhận vai trò hiệu trưởng.
Mới đây, PGS.TS.BS Nguyễn Thanh Hiệp, Hiệu trưởng Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch, vừa có văn bản khẩn ký gửi Hội đồng Giáo sư Nhà nước và Bộ GD&ĐT về việc thành lập Hội đồng Giáo sư cơ sở năm 2025.
