Tuy xác nhận vốn chủ sở hữu là số dương song kiểm toán viên đã chỉ ra loạt vấn đề nghiêm trọng tại Vietnam Airlines như: Nợ ngắn hạn lớn hơn tài sản ngắn hạn tới 29.838 tỷ đồng; khoản phải trả quá hạn 15.779 tỷ đồng và dòng tiền kinh doanh hợp nhất âm 6.759 tỷ đồng.