Cơ quan thuế phát thông báo quan trọng tới người nộp thuế, đặc biệt lưu ý mốc 31/12

Thuế thành phố Cần Thơ vừa đưa ra hướng dẫn cụ thể về những việc cần thực hiện và các mốc thời gian quan trọng mà người nộp thuế cần lưu ý khi kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Từ tháng 7/2026, Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính chính thức có hiệu lực, quy định chi tiết việc khai thuế GTGT, phân bổ nghĩa vụ thuế giữa các địa phương và hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Đáng chú ý, một số quy định về phân bổ thuế GTGT chỉ được áp dụng trong thời gian chuyển tiếp đến hết ngày 31/12/2026. Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể cách xử lý trong trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm thay đổi số thuế GTGT còn được khấu trừ hoặc số thuế phải phân bổ giữa các địa phương.

Quy định chuyển tiếp về phân bổ thuế GTGT đến hết năm 2026

Theo Điều 19 Thông tư số 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế thuộc trường hợp phải phân bổ thuế GTGT thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính, đồng thời lập phụ lục xác định số thuế GTGT phải nộp cho từng tỉnh, thành phố được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước.

Các trường hợp phải phân bổ thuế GTGT gồm hoạt động xây dựng vãng lai; chuyển nhượng bất động sản tại địa phương khác nơi đặt trụ sở chính; đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất; cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà; nhà máy thủy điện nằm trên địa bàn từ hai tỉnh trở lên; kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau và khấu trừ thuế GTGT đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước.

Đối với đơn vị phụ thuộc hoặc địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất, số thuế GTGT phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất được xác định trên doanh thu chưa có thuế GTGT, theo tỷ lệ 2% đối với hàng hóa chịu thuế suất GTGT 10% và 1% đối với hàng hóa chịu thuế suất GTGT 5%.

Tổng số thuế GTGT phân bổ không được vượt quá số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính. Trường hợp số thuế xác định theo tỷ lệ nêu trên lớn hơn số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính, số thuế phân bổ cho từng địa phương được xác định theo tỷ lệ doanh thu sản phẩm sản xuất tại từng tỉnh trên tổng doanh thu sản phẩm sản xuất của doanh nghiệp.

Doanh thu làm căn cứ phân bổ là doanh thu thực tế phát sinh của kỳ tính thuế. Đặc biệt, nếu doanh nghiệp khai bổ sung làm thay đổi doanh thu thực tế phát sinh thì phải xác định và phân bổ lại số thuế GTGT của kỳ có sai sót, qua đó xác định chính xác số thuế chưa phân bổ hoặc số thuế đã phân bổ thừa của từng địa phương.

Đối với dịch vụ viễn thông cước trả sau, số thuế GTGT phải nộp tại tỉnh nơi có chi nhánh hạch toán phụ thuộc được xác định bằng 2% doanh thu chưa có thuế GTGT của dịch vụ phát sinh tại địa phương.

Trong trường hợp nhà máy thủy điện nằm trên nhiều tỉnh, số thuế GTGT phải nộp cho từng địa phương được xác định theo tỷ lệ giá trị đầu tư của phần nhà máy trên địa bàn từng tỉnh so với tổng giá trị đầu tư của nhà máy.

Một điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý là theo khoản 2 Điều 100 Thông tư số 89/2026/TT-BTC, các quy định về phân bổ thuế GTGT nêu trên chỉ được thực hiện đến hết ngày 31/12/2026. Đây là quy định chuyển tiếp quan trọng trong quá trình kê khai thuế GTGT năm 2026.

Khai bổ sung hồ sơ thuế phải xác định đúng kỳ tính thuế và kỳ phát hiện sai sót

Bên cạnh quy định về phân bổ thuế, Thông tư số 89/2026/TT-BTC cũng hướng dẫn cụ thể cách xử lý số thuế GTGT tăng hoặc giảm sau khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Theo Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư, trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, trừ trường hợp phát hiện sót thuế GTGT đầu vào, người nộp thuế phải lập hồ sơ khai bổ sung đối với kỳ tính thuế có sai sót.

Đồng thời, số thuế điều chỉnh được kê khai trên Tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót, tại chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước”.

Người nộp thuế cần phân biệt rõ hai thời điểm. Kỳ tính thuế có sai sót là kỳ phải lập hồ sơ khai bổ sung, trong khi kỳ phát hiện sai sót là kỳ thực hiện điều chỉnh trên Tờ khai mẫu số 01/GTGT. Việc xác định đúng hai thời điểm này giúp doanh nghiệp kê khai đúng quy định và hạn chế sai sót.

Đối với trường hợp người nộp thuế đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được giải quyết hoàn và thuộc trường hợp phải hủy hồ sơ hoàn thuế, người nộp thuế phải gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế, đồng thời kê khai giảm chỉ tiêu “Đề nghị hoàn” trên hồ sơ khai bổ sung.

Trường hợp đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế, người nộp thuế phải khai bổ sung giảm số thuế đã đề nghị hoàn, kê khai số thuế phải thu hồi hoàn và nộp số thuế phải thu hồi cùng tiền chậm nộp nếu có theo quy định.

Nếu sau điều chỉnh, số thuế vẫn đáp ứng điều kiện khấu trừ thì được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên Tờ khai mẫu số 01/GTGT của kỳ phát hiện sai sót.

Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp, số thuế nộp thừa được xử lý theo quy định về bù trừ nghĩa vụ thuế hoặc hoàn thuế. Ngược lại, nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, người nộp thuế phải nộp thêm số tiền thuế phát sinh tăng thêm và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.

Người nộp thuế cũng cần lưu ý trường hợp phát hiện sai sót trên Tờ khai mẫu số 02/GTGT sau khi dự án đầu tư đã hoàn thành.

Theo hướng dẫn, khi đó người nộp thuế không kê khai bổ sung Tờ khai mẫu số 02/GTGT. Số thuế GTGT đầu vào tăng hoặc giảm của dự án đầu tư được kết chuyển sang Tờ khai mẫu số 01/GTGT.

Việc điều chỉnh được thực hiện tại chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng” hoặc “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ” của kỳ phát hiện sai sót. Quy định này giúp thống nhất phương thức xử lý, tránh việc vừa khai bổ sung Tờ khai 02/GTGT vừa điều chỉnh trên Tờ khai 01/GTGT.

Doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ trong giai đoạn chuyển tiếp

Để thực hiện đúng quy định và hạn chế rủi ro trong quá trình kê khai thuế GTGT, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ khai thuế kể từ kỳ tính thuế áp dụng Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

Đặc biệt, doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc, cơ sở sản xuất hoặc hoạt động kinh doanh trên nhiều tỉnh, thành phố cần xác định đúng doanh thu làm căn cứ phân bổ, số thuế phải nộp và địa phương được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước.

Khi khai bổ sung làm thay đổi doanh thu thực tế phát sinh, doanh nghiệp phải xác định và phân bổ lại số thuế GTGT của kỳ có sai sót để xác định chính xác số thuế chưa phân bổ hoặc phân bổ thừa cho từng địa phương.

Đối với trường hợp điều chỉnh số thuế GTGT còn được khấu trừ, người nộp thuế cần xác định đúng bản chất khoản điều chỉnh để kê khai vào đúng chỉ tiêu trên Tờ khai mẫu số 01/GTGT. Đồng thời, cần thường xuyên đối chiếu số liệu giữa Tờ khai mẫu số 01/GTGT và các phụ lục phân bổ có liên quan nhằm bảo đảm tính chính xác của hồ sơ khai thuế.

Cơ quan Thuế khuyến nghị người nộp thuế chủ động nghiên cứu các quy định mới của Thông tư số 89/2026/TT-BTC, rà soát đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT và thực hiện khai bổ sung ngay khi phát hiện sai sót.

Việc kê khai đúng, đầy đủ và kịp thời không chỉ giúp doanh nghiệp hạn chế phát sinh tiền chậm nộp, tránh các rủi ro về xử lý vi phạm hành chính về thuế mà còn góp phần bảo đảm thực hiện đầy đủ nghĩa vụ đối với ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.