Dự án đặt mục tiêu trở thành bệnh viện đa khoa hạng I và sau năm 2030 sẽ nâng cấp lên bệnh viện hạng đặc biệt khi hoàn thiện giai đoạn 2 của kế hoạch phát triển tổng thể.
Lần đầu tiên, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch sử dụng các tổ hợp xét tuyển có môn Tiếng Anh như A01 và B08, tuy nhiên không áp dụng quy đổi điểm từ chứng chỉ IELTS.
Những năm đầu, Trường Đại học Y Hà Nội thuộc sự quản lý của Đại học Paris (Pháp). Trường sử dụng tiếng Pháp làm ngôn ngữ giảng dạy và có đến 6 bác sĩ người Pháp đảm nhận vai trò hiệu trưởng.
Mùa tuyển sinh năm 2025, lần đầu tiên Trường Đại học Y Hà Nội đưa tổ hợp A00 (Toán, Lý, Hóa) vào phương án xét tuyển cho một số ngành như Khúc xạ nhãn khoa, Kỹ thuật xét nghiệm y học, Điều dưỡng, Hộ sinh...
