Sân bay Phú Quốc giai đoạn 2 sẽ được nâng cấp đạt cấp sân bay 4E, với công suất nhà ga hành khách 18-20 triệu lượt khách mỗi năm và công suất ga hàng hóa khoảng 50.000 tấn mỗi năm.
Tầm nhìn đến năm 2050, sân bay này vẫn giữ cấp sân bay 4E và sân bay quân sự cấp II, với công suất nâng lên 18 triệu hành khách/năm và 50.000 tấn hàng hóa/năm.