Việc nên hay không nên áp thuế VAT với mặt hàng phân bón đang nhận được nhiều ý kiến trái chiều. Trong đó, đáng chú ý khi đa số các ý kiến đều cho rằng việc áp thuế GTGT 5% sẽ giúp doanh nghiệp có động lực đổi mới, để phân bón Việt Nam có thể cạnh tranh sòng phẳng với các doanh nghiệp phân bón thế giới và doanh nghiệp nhập khẩu phân bón.