Sau sáp nhập, Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ có 30 đầu mối, gồm 26 đơn vị hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước, 4 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ. Bộ cũng được đề xuất giao 45 nhóm nhiệm vụ.
