Việc triển khai hệ thống hóa đơn điện tử giúp ngành Thuế tạo bước đột phá mới trong việc quản lý rủi ro, quản lý thuế, thực hiện kết nối, chia sẻ và cung cấp dữ liệu cho các cơ quan nhà nước khác, đặc biệt trong điều tra, xử lý tội phạm về kinh tế, tham nhũng, buôn lậu.