Giếng trời được thiết kế dựa trên hướng nhà, nhằm đón nắng gió tốt, tránh bị mưa tạt vào trong nhà.
Tác dụng của giếng trời chủ yếu là đưa khí thải trong nhà ra ngoài, nhằm tăng thêm ánh sáng tự nhiên từ ngoài vào trong nhà, còn việc đón gió thổi từ ngoài vào nhà là rất hạn hữu.
Giếng trời có thể được bố trí ở giữa nhà hoặc cuối nhà tùy thuộc vào diện tích và chiều dài của ngôi nhà. Việc phân bổ vị trí giếng trời phải hợp lý, sao cho ánh sáng được phân bổ đồng đều khắp nhà, chứ không chỉ tập trung ở một vài khu vực.
Lưu ý, việc chọn vị trí giếng trời còn phụ thuộc vào hướng gió của khu vực.
Ngoài ra, cần lưu ý khai thác các không gian xung quanh giếng trời sao cho hiệu quả, thông thường nên mở cửa sổ rộng tối đa có thể, theo cả hai phương ở khu vực này.
Khi thiết kế giếng trời, gia chủ cần phải tính đến việc lợp mái lấy sáng (di động hoặc cố định) hợp lý. Nên dùng kính an toàn hai lớp thay bằng lợp mái bằng kính cường lực một lớp.
Đặc biệt, cần lưu ý thiết kế và thi công giếng trời làm sao để mưa không tạt vào nhà. Các vật liệu như kính cường lực, tấm lợp polycarbonat không thể liên kết bền vững với bê tông, xi măng. Vì vậy, cần phải thông qua liên kết trung gian là thép.
Khoảng vượt của mái lợp cũng phải hợp lý để tránh mưa tạt trực tiếp vào giếng trời. Để bảo đảm thông gió tốt, mưa không tạt vào nhà đòi hỏi sự thiết kế chỉnh chu và thi công đúng kỹ thuật. Các khung thép bảo vệ kẻ gian đột nhập vào nhà cũng phải được thiết kế bảo đảm kỹ thuật và thẩm mỹ.
