Sự phát triển nhanh về kinh tế, du lịch và việc khai thác quá mức trong sản xuất nông nghiệp khiến nguồn nước ngầm ở đặc khu Lý Sơn ngày càng cạn kiệt, nhiều nơi bị xâm nhập mặn. Sở NN&MT tỉnh Quảng Ngãi đề xuất đầu tư hệ thống thu gom, trữ và cấp nước mưa với tổng kinh phí khoảng 250 tỷ đồng.