Vừa được hoàn thuế, vài tháng sau nhận thông báo nợ: Cục Thuế giải thích gì?

Theo bà Nguyễn Thị Thu, Trưởng ban Nghiệp vụ thuế (Cục Thuế, Bộ Tài chính), về nguyên tắc, cơ quan thuế căn cứ dữ liệu khấu trừ thuế do các tổ chức chi trả kê khai để tổng hợp, xác định số thuế thu nhập cá nhân của người nộp thuế.

Tuy nhiên, sau khi người nộp thuế hoàn tất quyết toán, tổ chức chi trả vẫn có thể kê khai bổ sung, điều chỉnh nếu phát hiện sai sót. Khi dữ liệu khấu trừ được thay đổi, số thuế phải nộp hoặc số tiền được hoàn của người nộp thuế cũng có thể thay đổi theo.

Chẳng hạn, ban đầu cơ quan thuế xác định một người được hoàn 10 đồng. Sau khi tổ chức chi trả điều chỉnh dữ liệu, số tiền hoàn có thể tăng lên 12 đồng hoặc giảm xuống 8 đồng, tùy thuộc vào nội dung kê khai bổ sung.

Nếu số tiền được hoàn giảm so với số đã xác định trước đó và phát sinh thêm nghĩa vụ thuế, người nộp thuế phải nộp phần chênh lệch. Trong trường hợp phát sinh nghĩa vụ thuế quá hạn, người nộp thuế còn có thể phải nộp tiền chậm nộp.

Bà Thu cho biết tình huống được hoàn thuế rồi vài tháng sau nhận thông báo nợ thuế đúng số tiền đã hoàn không phải trường hợp phổ biến. Tuy nhiên, khi gặp vướng mắc liên quan đến quyết toán thuế thu nhập cá nhân, người nộp thuế nên liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được kiểm tra, đối chiếu dữ liệu và xử lý.

Một trường hợp cụ thể tại Hà Nội

Trước đó, một người nộp thuế tại Hà Nội thuộc diện tự quyết toán thuế thu nhập cá nhân năm 2025 đã hoàn tất quyết toán vào cuối tháng 4/2026. Ngày 29/4, người này nộp số thuế phải nộp là 111.111 đồng.

Đến ngày 7/5, người này nhận quyết định hoàn thuế thu nhập cá nhân từ Thuế TP. Hà Nội với số tiền 379.798 đồng.

Tuy nhiên, đến ngày 7/9, người nộp thuế lại nhận được thông báo cho biết còn nợ 393.357 đồng. Trong đó, số tiền thuế và các khoản phải nộp tính đến ngày 31/8 là 379.798 đồng, tương ứng với số tiền đã được hoàn trước đó; tiền chậm nộp tính đến cùng thời điểm là 13.559 đồng.

Cơ quan thuế đề nghị người nộp thuế nộp các khoản trên vào ngân sách.

Trước tình huống này, người nộp thuế băn khoăn liệu có thể xảy ra sai lệch trong quá trình tính toán, dẫn tới việc đang chủ động thực hiện nghĩa vụ thuế lại phát sinh khoản nợ và tiền chậm nộp.

Luật sư Nguyễn Văn Được, Tổng giám đốc Công ty TNHH Kế toán và Tư vấn thuế Trọng Tín, cho rằng không nên chỉ dựa vào việc người nộp thuế vừa được hoàn tiền nhưng sau đó bị yêu cầu nộp lại để kết luận cơ quan thuế tính toán sai.

Theo ông Được, việc các tổ chức chi trả điều chỉnh, bổ sung dữ liệu sau quyết toán có thể làm thay đổi nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Bên cạnh đó, cũng không loại trừ khả năng hệ thống điện tử của ngành thuế xảy ra sai lệch hoặc trục trặc.

Để xác định chính xác nguyên nhân, cần đối chiếu hồ sơ quyết toán, các nguồn thu nhập, chứng từ khấu trừ thuế và lịch sử điều chỉnh dữ liệu của từng đơn vị chi trả.

Đặc biệt, cần xác định chính xác thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế để kiểm tra việc tính tiền chậm nộp có đúng quy định hay không. Theo ông Được, cơ quan thuế cần minh bạch về căn cứ, thời điểm và lý do điều chỉnh để người nộp thuế có thể kiểm tra, đối chiếu và thực hiện đúng nghĩa vụ của mình.