Năm 1963, Bồ tát Thích Quảng Đức đã đem tấm thân mình tự thiêu, đòi sự bình đẳng, hòa bình cho quê hương Tổ quốc và đạo pháp được trường tồn.
Tổ đình Quán Thế Âm (hay còn gọi chùa Quán Thế Âm) tọa lạc ở số 90 đường Thích Quảng Đức (phường 5, quận Phú Nhuận, TP. HCM). Chùa được đông đảo Phật tử biết đến vì từng là nơi lưu dấu cuối cùng của hòa thượng Thích Quảng Đức trước khi Ngài vị pháp thiêu thân hơn 60 năm trước.
Tư liệu ở chùa cho biết, chùa do một số sĩ quan, binh lính gồm cả người Việt và người Pháp kiến tạo vào năm 1920, do sự linh ứng của Bồ tát Quán Thế Âm, đã cứu nạn số sĩ quan, binh lính này trên biển khi thuyền bị máy bay Đức bắn thủng. Thượng sĩ Dương Phong Quang cùng mọi người đều nhất tâm niệm danh hiệu Quán Thế Âm. Lúc bấy giờ, chùa được gọi là chùa Mạch Lô hay Bạch Lô vì Đức Quán Thế Âm và lính thủy đều đội mũ trắng. Mặt tiền chùa hướng Tây Nam.
Năm 1959, hòa thượng Thích Quảng Đức đến trụ trì và tổ chức đại trùng tu ngôi chùa vào những năm 1960-1961. Hòa thượng Thích Quảng Đức tên Nguyễn Văn Khiết, quê ở Hội Khánh, Vạn Ninh, Khánh Hòa, thọ Sa di năm 15 tuổi, thọ Tỳ khưu và Bồ tát giới năm 20 tuổi. Trên bước đường hành đạo, hòa thượng đã kiến tạo và trùng tu 14 ngôi chùa ở miền Trung và 17 ngôi chùa ở miền Nam. Chùa Quán Thế Âm là ngôi chùa thứ 31, di tích cuối cùng của Ngài.
Đúng ngày 11/6/1963 (20/4 Âm lịch năm Quý Mão), tại giao lộ Phan Đình Phùng - Lê Văn Duyệt (nay là giao lộ Cách Mạng Tháng Tám - Nguyễn Đình Chiểu), trước sự đàn áp dã man của chính quyền Ngô Đình Diệm, hòa thượng Thích Quảng Đức đã phát thiện thiêu thân để phản đối chế độ độc tài, gia đình trị, kỳ thị tôn giáo và áp bức các phong trào đấu tranh vì hòa bình, dân chủ và dân sinh.
Chính từ ngọn lửa thiêng của Bồ tát đã thổi bùng lên tinh thần đấu tranh dũng cảm của đông đảo Tăng ni, Phật tử và bao lớp người yêu nước, thúc đẩy phong trào Cách mạng của miền Nam, dẫn đến nhiều thắng lợi to lớn.
Năm 1966, hòa thượng Thích Thông Bửu đã kế thừa trụ trì và phát triển ngôi chùa. Trong thời gian làm trụ trì, hòa thượng Thích Thông Bửu đã trùng tu lại chính điện, xây mới núi Phổ Đà và tạc tượng Bồ tát Quán Thế Âm thập nhất diện bằng đá hồng hoa cương.
Năm 1993, chùa khánh thành bảo tháp Lửa Từ Bi thờ Bồ tát Quảng Đức. Tượng Bồ tát Quảng Đức bằng đồng cao 1,82m, nặng 1 tấn, do điêu khắc gia Thụy Lam tạo mẫu, nghệ nhân Nguyễn Văn Kim đúc đồng năm 1999, an vị tại bảo tháp.
Ngôi bảo tháp chánh điện bát giác 7 tầng, cao 28m. Trên nóc tháp là bàn tay Pháp Ấn cao 2m. Mái tháp được lợp ngói hình mặt trăng vẩy rồng. Nóc tháp nở 40 cánh hoa ưu đàm.
Năm 1994, chùa an vị bảo tượng Bồ tát Quan Thế Âm thập nhất diện tại động An Lạc Sơn. Tượng Bồ tát bằng đá hồng hoa cương, cao 3,2m, nặng 5 tấn, do điêu khắc gia Lý Dũng cùng tốp thợ điêu khắc thực hiện tròn một năm.
Tượng Đức Phật Thích Ca tại chánh điện được đúc bằng đồng, là thành tựu giữa giờ phút Giao thừa kỷ nguyên (1999-2000) do điêu khắc gia Thụy Lam tạo mẫu, nghệ nhân Nguyễn Văn Kim thực hiện tại Gò Vấp. Tượng cao 2,8m nặng 4 tấn, tòa sen bằng đồng cao 0,7m, nặng 1,1 tấn. Tượng ngồi tựa lưng vào núi, tượng trưng núi Linh Sơn. Gương mặt Đức Phật thể hiện nét người Việt Nam, tay kiết ấn theo kiểu Xuất Địa ấn.
Đặc biệt, chùa có bức ảnh Bồ tát Quảng Đức tự thiêu cao 2m, rộng 1m, được vẽ bằng máu của chư Tăng ni, Phật tử, do họa sĩ Trọng Nội vẽ năm 1963 giữa mùa pháp nạn, tôn trí tại phòng khánh tiết.
Chùa Quán Thế Âm được UBND TP. HCM xếp hạng Di tích Lịch sử cấp Thành phố theo Quyết định số 3086/QĐ-UBND ngày 25/6/2015.