Sân bay Phú Quốc giai đoạn 2 sẽ được nâng cấp đạt cấp sân bay 4E, với công suất nhà ga hành khách 18-20 triệu lượt khách mỗi năm và công suất ga hàng hóa khoảng 50.000 tấn mỗi năm.
Nhà ga hành khách T1 hiện tại sẽ được mở rộng để phục vụ khoảng 5 triệu hành khách mỗi năm, đồng thời sẽ xây dựng nhà ga hành khách T2 mới tại khu vực giữa hai đường cất hạ cánh, với công suất ước tính khoảng 3 triệu hành khách mỗi năm.