Thuế ưu tiên kiểm tra từ xa, hạn chế cản trở hoạt động doanh nghiệp

Ưu tiên kiểm tra trên dữ liệu điện tử

Theo quy định, cơ quan thuế trước hết áp dụng quản lý rủi ro và công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế, ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên cơ sở dữ liệu điện tử.

Thông tư số 89/2026 quy định việc kiểm tra thuế điện tử được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc trụ sở người nộp thuế thông qua cổng giao tiếp điện tử, trên cơ sở Hệ thống thông tin quản lý thuế và dữ liệu do người nộp thuế cung cấp bằng phương thức điện tử.

Trong quá trình kiểm tra, việc giải trình, trao đổi, thu thập thông tin, tài liệu, lập biên bản, ban hành văn bản, kết luận và quyết định xử lý đều được thực hiện điện tử. Hồ sơ, tài liệu được ký điện tử và lưu trữ dưới dạng hồ sơ điện tử sau khi cuộc kiểm tra kết thúc.

Trường hợp dữ liệu điện tử chưa đủ căn cứ để kết luận và cần xác minh thực tế, cơ quan thuế sẽ chuyển sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế.

9 trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Luật Quản lý thuế quy định 9 trường hợp cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Một là hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Hai là hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế trước, theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

Ba là người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.

Bốn là trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề.

Năm là kiểm tra theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền.

Sáu là người nộp thuế có rủi ro cao trong các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.

Bảy là trường hợp kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế dựa trên hồ sơ thuế, cơ sở dữ liệu quản lý thuế và các thông tin liên quan. Cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Riêng kiểm tra sau thông quan thực hiện theo pháp luật về hải quan.

Tám là kiểm tra theo yêu cầu phục vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.

Chín là trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.

Bên cạnh đó, hoạt động kiểm tra thuế phải tuân thủ pháp luật và không làm cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế. Nội dung kiểm tra nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực trong kê khai, nộp thuế và mức độ tuân thủ pháp luật thuế.

Cơ quan thuế cũng không được kiểm tra trùng lặp về nội dung, phạm vi và thời gian với hoạt động thanh tra, kiểm tra, kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ về vi phạm cần kiểm tra lại.

Đối với giao dịch liên kết, việc kiểm tra phải dựa trên nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh. Các giao dịch liên kết không tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập, làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp sẽ không được công nhận.