Theo một số hiệp hội, dù luật thuế mới được xây dựng với mục tiêu hỗ trợ sản xuất - kinh doanh và tạo thuận lợi cho doanh nghiệp nhưng trong thực tiễn, một số quy định đang vô tình trở thành rào cản, đặc biệt là đối với nhóm hàng nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến, những ngành đóng góp hàng chục tỷ USD mỗi năm cho kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam.